9.09.2013 - Decembra 2012 je Evropska Komisija predlagala oblikovanje novega transnacionalnega programa Podonavje 2014-2020, ki naj bi vključeval naslednja območja: Avstrijo, Bosno in Hercegovino, Bolgarijo, Češko, Črno Goro, Hrvaško, Madžarsko, Moldavijo, del Nemčije, Romunijo, Slovaško, Slovenijo, Srbijo in del Ukrajine.

Predstavniki držav članic za pripravo transnacionalnega programa Podonavje so že začeli s pripravami novega operativega programa.
Območje transnacionalnega programa Podonavje teritorialno sovpada z območjem Podonavske makroregionalne strategije, vendar pa gre za dva različna inštrumenta, ki delujeta na različnih ravneh in načelih. Podobni cilji in skupno območje nudijo programu in makrostrategiji možnosti za medsebojno sodelovanje: poleg doseganja tematskih ciljev makrostrategije skozi izvajanje projektov lahko program podpira institucionalno sodelovanje deležnikov in institucij, ki sodelujejo v makroregionalni strategiji.
Tematske prioritete programa Podonavje bodo določene v skladu s predlogi, pripravljenimi s strani Evropske Komisije, nacionalnimi prioritetami držav članic programa in potrebami programskega območja.