14.10.2008 - 5. maja 2008 je bil objavljen prvi razpis programa Jugovzhodna Evropa, ki poteka v dveh fazah. V prvi fazi so morali prijavitelji izpolniti izjavo o interesu za sodelovanje, v kateri so na kratko opisali probleme in vprašanja, s katerimi naj bi se ukvarjal predlagani projekt, predviden proračun, vključene partnerje ter cilje in pričakovane rezultate. Na sestanku Nadzornega odbora, ki je bil 25. in 26. septembra 2008 v Beogradu, je bil določen seznam 95 projektov, ki bodo povabljeni k oddaji popolne prijavne dokumentacije. Seznam projektov se nahaja na spletni strani programa. Predlagatelji so bili o rezultatih prve faze obveščeni na začetku oktobra.
S 13. oktobrom je odprta druga faza razpisa, namenjena predlagateljem, izbranim v prvi fazi. Navodila in prijavna dokumentacija so na voljo na spletni strani programa Jugovzhodna Evropa.