V skladu z Uredbo sveta (ES) št. 1083/2006 so vsi izvajalci projektov dolžni voditi ločeno računovodstvo za vse transakcije v zvezi s projekti.
Kot dokazilo, da se stroški projekta vodijo ločeno, je potrebno prvostopenjski kontroli predložiti izpis stroškov po ločeni računovodski kodi za vsako poročevalsko obdobje.

Navedeno obveznost za neposredne proračunske uporabnike ureja 12. člen Uredbe o izvajanju postopkov pri porabi sredstev evropskega teritorialnega sodelovanja in instrumenta za predpristopno pomoč v Republiki Sloveniji v programskem obdobju 2007-2013 (UL RS 45/2010), ki določa, da neposredni proračunski uporabnik v vlogi projektnega partnerja ločeno načrtuje in v celoti zagotavlja sredstva za financiranje operacij evropske teritorialane politike v okviru svojega finančenga načrta v načrtu razvojnih programov kot poseben tip projekta. Praviloma se za vsak načrtovan projekt odpre nov projekt v Načrtu razvojnih programov, izjemoma pa se lahko uporabi ločeno stroškovno mesto.

Kot dokazilo, da se stroški vodijo ločeno, je dolžan neposredni proračunski uporabnik prvostopenjski kontroli predložiti izpis stroškov po ločeni računovodski kodi za vsako poročevalsko obdobje (ustrezen izpis iz aplikacije MFERAC). Za stroške dela je potrebno predložiti obračunski list, iz katerega je razvidna ustrezna knjižba/bremenitev, ali ustrezen izpis iz aplikacije Mferac.

Vodenje ločenega računovodstva velja za vse stroške, ki se navezujejo na projektne aktivnosti, torej tudi za stroške dela.

Pojasnilo je navedeno tudi pri pogostih vprašanjih prvostopenjski kontroli.