Ministrstvo za infrastrukturo in prostor je v skladu z Uredbo Komisije (ES) 1083/2006 in 1828/2006 določeno za izvajanje prvostopenjske kontrole in izdajo »Izkaz o upravičenih izdatkih«. Za slovenske vodilne partnerje in projektne partnerje bo skladno z Uredbo opravljalo kontrolo Ministrstvo za infrastrukturo in prostor, Finančni sektor – Oddelek  za evropska sredstva.

Prvostopenjska kontrola bo na podlagi predloženih poročil in vseh potrebnih dokazil opravila administrativno kontrolo in izdala Izkaz o upravičenih izdatkih za vse slovenske partnerje. V skladu z letnim načrtom oziroma po potrebi bo opravila kontrolo na kraju samem.